Bei einer Überdosierung von Selen können Nebenwirkungen auftreten. Erste Anzeichen sind ein knoblauchartiger Atemgeruch, Durchfall, Übelkeit, Bauchschmerzen, Müdigkeit und Haarausfall. Im Falle einer längeren Überdosierung kann sich das Nagel- und Haarwachstum verändern und es können Störungen des Nervensystems auftreten.
Die Weltgesundheitsorganisation WHO empfiehlt gesunden Menschen über einen längeren Zeitraum nicht mehr als 400 Mikrogramm Selen täglich zu sich zu nehmen. Akute kurzfristige, kontrollierte Einnahmen von Natriumselenit bleiben bis zu 1000 Mikrogramm ohne toxische Wirkung.